Entsprechend Einkommensteuergesetz (EStG, § 10 I, 4) ist die „gezahlte Kirchensteuer“ in voller Höhe von der Einkommensteuer als Sonderausgabe absetzbar. Dadurch vermindert sich die Einkommensteuer für den Staat. Diese Einnahmeverluste werden in den Subventionsberichten der Bundesregierung in ihrer Höhe beziffert. 42,5 Prozent der Verluste gehen zu Lasten des Bundes und 57,5 Prozent zu Lasten der Ländern. Im Jahr 2016 (3,89 Mrd. Euro) hat der Bund dadurch eine Mindereinnahme von 1,653 Mrd. Euro und die Länder einen Einnahmeverlust von 2,237 Mrd. Euro.